Datele transmise pentru sistemul Intrastat sunt supuse regulilor de confidenţialitate şi sunt utilizate numai pentru scopuri statistice, conform reglementărilor legale naţionale şi europene aplicabile domeniului statisticilor de comerţ internaţional cu bunuri.

Pentru sistemul Intrastat se aplică principiul confidenţialităţii pasive, respectiv regulile de confidenţialitate sunt aplicate datelor statistice numai dacă operatorul economic solicită confidenţializarea datelor sale, iar solicitarea sa este solid argumentată.